Трагичная история любви и ненависти была описана в прошлом сезоне этого аниме, который вышел в эфир более десяти лет назад. Когда воюющие кланы ниндзя Ига и Кога наконец-то пришли к мирному договору, долго им пожить в спокойствии не дали. Представители этого клана были втянуты в государственные разборки, а любовь, которая уже успела зародиться между потомками клана, была растоптана, разорвана в клочья. Сейчас же дело происходит несколько позже, в эру Канъэй, в середине XVII века.
Снова в центре внимания истории кланы Ига и Кога. Во главе клана Кога стоит Хачиро, мудрый и очень талантливый парень, который унаследовал свой особенный дар от отца. Главой клана Ига является Хибики, изящная и невинная девушка, впитавшая с молоком матери и её техники ниндзя. У них разные фамилии, разные кланы, но одна кровь. Они брат и сестра. Но какое будущее ждёт их? Будут ли они воевать, как их предки, или же откроют новую эру мира? Решение остаётся за ними.