Тематика сериала снова вернулась в свое первоначальное русло, и теперь на повестке дня не только продолжение изучения Сагаре Сосуке мирной подростковой жизни, но и участие в тайных операциях «Мифрила». Боевым сценам и сражениям в этом выпуске уделена особая главная роль, но и романтическая линия аниме никуда не делась. Секретная организация «Мифрил» продолжает свою борьбу против террористических организаций, защищая жизни невинных. Теперь у них появился новый враг – «Амальгама», организация, которая владеет особым оружием и боеприпасами. Главный предводитель организации - Леонард Тестаросса, брат Тессы, капитана «Мифрила».
Наряду с такими событиями, так как Тидоре Канаме пока ничего не угрожает, командование возвращает Сагару в штаб, чтобы тестировать свое новое оружие, которое должно помочь им в битве с новыми противниками. Но вот только Сагаре только начал привыкать нормальной жизни, у него впереди еще обучение в школе и выпускной. Сможет ли он бросить то, к чему так привык, тем более что Канаме приложила столько усилий, чтобы он узнал все тонкости школьной жизни. Перед парнем стоит нелегкий выбор, и он всерьез задумывается, каким он хочет видеть свое будущее.