Сюжетная линия рассказывает о династии Узумаки, являющейся главой иерархии вселенной шиноби. В далёком прошлом папа Боруто столкнулся с всеобщим пренебрежением, так как в мальчике был запечатан девятихвостый демон лис. Но Наруто решил следовать великой цели – обрести утраченное доверие и стать хокаге. Отчаянному парнишке пришлось столкнуться с чередой невероятно сложных испытаний, чтобы в итоге прийти к осуществлению своей заветной мечты. После долгого пути, герой смог заслуженно примерить статус предводителя своего народа. Юноша остепенился, женился на прекрасной девушке Хинате из клана хьюга и даже завёл наследников. Боруто стал центральным персонажем новой истории.
Как оказалось, семейство существовало далеко не безоблачной идиллии. Боруто презирал отца, который всё своё время посвящал соседям и обустройству деревни скрытой в листве. Мальчишке не хватало отцовской заботы и советов. Когда он повзрослел, то решил для себя, что никогда не пойдет по стопам своего отца. Роль наставника для героя начал играть мудрый ниндзя – Саскэ, являющийся давним знакомым и главным соперником Наруто.